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从营养学角度来看，发酵食品有很多好处。比如，豆类发酵在保留大豆异黄酮和低聚糖等原有功能性物质的基础上，能将大豆中存在的不溶性高分子物质降解为可溶性的低分子化合物，生成大豆原来不具有的营养物质，如维生素B12、核甙和核甙酸、芳香族化合物等。

谷类的种子中含有丰富的植酸盐(六磷酸肌醇酯)，它们会影响其他金属离子和氨基酸的吸收。经过发酵后植酸盐被分解为肌醇和无机磷酸盐，不仅不再影响其他物质吸收，还提高了磷的吸收利用率。此外，谷物经过发酵还生成了大量原来没有的生理活性成分，如功能性低聚糖、益生菌及酶、B族维生素和功能性脂类等。

乳品经过发酵后，一方面合成了一些水溶性的维生素，增加了可溶性的磷和钙的含量，与鲜奶相比营养价值更高;另一方面，我国乳糖不耐受的患者很多，由于缺乏乳糖酶，致使他们无法分解牛奶中的乳糖，所以在喝纯牛奶时会有腹胀、腹泻等表现。而纯牛奶经过发酵后，乳糖被降解为乳酸，去除了乳糖的影响。

蔬菜类发酵制品主要包括腌制酸菜和泡菜，其营养因素有所不同，大体上含有原料蔬菜中所含的钙、铁、磷，以及丰富的维生素B1和纤维素等。

总的来说，发酵可以降解食物中的有害物质，起到抑菌、杀菌作用，能促进食物的消化吸收，同时产生有益健康的微生物与酶、多肽与氨基酸、多糖与低聚糖、抗氧化活性物质等。但制作发酵食品，有着比较高的卫生要求，一定要选择优质的米面、鲜奶等原料及合格的菌种。另外，保存时也要注意满足一定条件。一旦食用后身体出现不适，要立即停止进食，就近就医。吃过相同食品但未发病的人，也应尽早催吐或洗胃、清肠。